Le programme  fut officiellement inauguré le 18 septembre 2006 au Ministère de la Santé (MINSAN), en présence du Ministre de la Santé, du Secrétaire du Comité National de Lutte contre le Sida (CNLS) : Mr Fenosoa et de l'ensemble des partenaires de la lutte contre le sida à Madagascar.

L'objectif de Solthis à Madagascar était de réduire l'impact du VIH/Sida ;  d'aider à une meilleure compréhension de la situation épidémiologique et d'anticiper sur son évolution alors que de nombreux facteurs de risque existent. Il s'agissait aussi de contribuer à la mise en place de toutes les mesures capables de préserver cette situation de faible prévalence.

Pour cela, Solthis a développé un modèle de prise en charge globale des personnes atteintes par le VIH dans la Province Nord (régions de Diana et Sava) dans une approche de santé publique.

La première phase du programme a permis de faire l'analyse du contexte, des besoins et des compétences pour cibler au mieux nos axes d'intervention et poser les bases d'un modèle de prise en charge le plus adapté au contexte régional identifié.

Pendant trois ans, Solthis a élargi progressivement son intervention sur le territoire malgache :

• 2006/2007 : Antananarivo et Province Nord (régions de Diana et Sava)
• 2008 : Région de Menabe (Morondava)
• 2009 : Régions Sud-Ouest (Tuléar), Boeny (Majunga), Est (Tamatave), Analanjirofo (Fénérive et Sainte Marie) et Anosy (Fort-Dauphin)

L’année 2009 aura été marquée par les tensions politiques qui auront ralenti en partie les activités. Pour Solthis, cette année 2009 était sa dernière année de présence in situ : l’intervention locale a pris fin avec le départ de l’équipe en octobre.

Depuis, Solthis poursuit son partenariat avec le Laboratoire National de Référence (LNR) géré à distance par l’équipe du siège à Paris. Avant le départ de l’équipe de Solthis, une restitution de l’expérience et des acquis de la mission de Solthis à Madagascar a été présentée par le Chef de mission et le Directeur Général aux partenaires nationaux en septembre 2009.