Située dans l'Océan Indien,  Madagascar est la cinquième plus grande Ile du monde avec ses 1500 kilomètres de côtes. Découpé administrativement en 22 régions, le pays compte près de 20 millions d'habitants, dont près de 75% vit sous le seuil de pauvreté. Le territoire souffre d'un manque d'infrastructures routières, ce qui explique l'existence de zones extrêmement isolées et le manque d'accès aux soins d'une grande partie de la population.

Dans un contexte d'extrême pauvreté (rang IDH en 2005 : 143 sur 177) et  d'une grande attractivité touristique, le tourisme sexuel s'est extrêmement  développé ces dernières années, particulièrement dans les villes côtières.

La priorité est donnée à l'alimentation, au détriment de l'éducation et des soins : l'espérance de vie est de 58 ans, la mortalité infantile de 74 pour mille et on dénombre seulement 1 médecin pour 3500 habitants.

Le paludisme et la tuberculose restent les premières causes de mortalité à Madagascar. Le taux de prévalence des Infections Sexuellement Transmissibles (IST) est élevé, notamment la syphilis congénitale (8 % chez les femmes enceintes en 2003 et 4.2% en 2005 dans la population générale).

Crise politique en 2009 :

En mars 2009, le renversement du président Marc Ravalomanana par Andry Rajoelina a plongé Madagascar dans une longue crise politique. De nombreuses institutions ont été restructurées, les  financements des bailleurs de fonds internationaux ont en grande partie été gelés ou suspendus et les activités ont connu un sérieux ralentissement.

Avec un taux de séroprévalence du VIH/Sida estimé à 0,13% selon les dernières enquêtes épidémiologiques, Madagascar apparaît aujourd'hui relativement épargnée par l'épidémie comparativement à la façade est-africaine. On estime à 12 000 personnes le nombre de personnes vivant avec le VIH/Sida et à 3 200 le nombre de personnes ayant besoin d'un traitement en ARV.

Cette estimation est très imprécise. En effet, seules les données chez les femmes enceintes sont assez bien étayées. En revanche, les données disponibles pour les groupes les plus exposés (Hommes ayant des relations sexuelles avec les hommes, Travailleurs du sexe...) sont très insuffisantes, voire inexistantes, ce qui ne permet pas d'estimer correctement la prévalence globale, surtout si on considère que l'épidémie est possiblement concentrée dans ces groupes.

La dynamique de l'épidémie VIH est mal connue à Madagascar. L'accroissement modéré de l'épidémie malgré de nombreux facteurs de risque comportementaux dans la population (multipartenariat, prostitution, tourisme sexuel, IST, faible utilisation de moyens préventifs) pourrait être expliqué par des facteurs protecteurs : cironcision généralisée, population essentiellement rurale et peu dense avec faible mobilité...

Les données de dépistage montrent également une hétérogénéité de prévalence selon les régions, avec un aspect d'épidémie en "peau de léopard".

Il est possible d'interpréter l'épidémie comme une épidémie débutante et de considérer chaque zone de forte prévalence comme un début d'"embrasement" d'un foyer épidémique.